Se crearon las primeras fracciones judiciales: Monterrey, Cadereyta Jiménez, Montemorelos y Villaldama. Cada uno con un juez con competencia mixta (civil y penal), salvo en la capital nuevoleonesa en donde habría dos jueces. Estos mismos municipios eran las cabeceras de los distritos electorales.
Aquel 10 de enero de 1825, se dieron cita, en la ciudad de Monterrey, personajes eclesiásticos y vecinos de la capital nuevoleonesa, además del gobernador provisional, José Antonio Rodríguez. En el evento, Don José Alejandro de Treviño y Gutiérrez tomó protesta como Magistrado de la Primera Sala y Presidente del Tribunal Superior de Justicia; con esto el gobernador manifestó que quedaba instalado el nuevo órgano de justicia.
Por el Decreto número 41 del 4 de junio de 1825, Se ratificó a Don José Alejandro de Treviño y Gutiérrez como magistrado de la Primera Sala del Tribunal Superior de Justicia; de igual manera se eligieron a los licenciados Pedro Agustín Ballesteros y Rafael de Llano como magistrados de la Segunda y Tercera Sala respectivamente.
Durante la ocupación norteamericana de la capital de Nuevo León, el gobierno estatal se trasladó a diferentes municipios del sur del Estado; estableciéndose por último en Linares, N.L. Ante aquello, el 5 de diciembre de 1846, fueron elegidos magistrados para el Tribunal Superior de Justicia los licenciados, Pedro Agustín Ballesteros, Primera Sala, Juan Nepomuceno de la Garza y Evia, Segunda Sala, y Domingo Martínez, Tercera Sala. Así funcionó el Tribunal hasta el 4 de enero de 1848. El gobierno pudo volver a Monterrey una vez terminada la ocupación por parte de las tropas estadounidenses, entre abril y mayo de 1848.
Con la anexión de Coahuila a Nuevo León formando una sola entidad, se reformó la Ley sobre la organización del Tribunal de 1850; por lo que ahora se haría llamar Ley Constitucional sobre la organización del Supremo Tribunal de Justicia del Estado de Nuevo León y Coahuila. También se da a conocer la nueva composición del territorio judicial mediante el decreto número 23, en donde ahora se unían Saltillo, Monclova y Parras, territorios coahuilenses, como cabeceras de distrito judiciales del Tribunal Superior de Justicia. Esta composición funcionó hasta la separación de ambas entidades.
Con el decreto número 28 del H. Congreso de Nuevo León, promulgado 10 de diciembre de 1879 y publicado en el Periódico Oficial del Estado el 14 de diciembre del mismo año, el 5 de mayo de 1880 entró en vigor el primer Código Penal para el Estado Libre y Soberano de Nuevo León. Dicho estatuto estaba compuesto por 3 libros y 1,063 artículos, además de contener una tabla con imágenes en donde se mostraban cada una de las partes del cuerpo humano. También este ordenamiento sustituía al Título 3º del Libro III del Código Penal para el Distrito Federal y el territorio de la Baja California por el Congreso nacional el 7 de diciembre de 1871.
Por primera vez, el Poder Judicial tiene su propia ley organizacional y ya no era solamente sobre el Tribunal Superior de Justicia. Este nuevo estatuto se llamó Ley Orgánica del Poder Judicial del Estado de Nuevo León, y fue decretada por el XX Legislatura del H. Congreso del Estado, y bajo la gubernatura de Viviano L. Villarreal.
Parte de las oficinas del Tribunal Superior de Justicia del Estado de Nuevo León se trasladaron a la antigua Penitenciaría del Estado, en donde estuvieron hasta 1921. También en aquella penitenciaría se ubicaron los dos juzgados penales de Monterrey existentes en aquel momento. Aquel edificio se encontraba a un lado de la Alameda “Mariano Escobedo” entre las actuales calles de Pino Suarez y José Marroquín Leal.